Доктор искусствоведения (2005), профессор кафедры теории музыки УГК (2006 г), руководитель кабинета народной музыки УГК, член СК РФ (1984)Автор многочисленных научных публикаций о фольклоре и русской профессиональной музыке, музыкально-критических статей о композиторах Урала в журналах "Советская музыка", "Музыкальная жизнь", "Российская провинция", в местной печати. Автор монографии «Акустический текст ребенка» (Екатеринбург, 2005), книги «Улей, полный звенящих пчел» (Екатеринбург, 2007). Участник международных, всесоюзных, республиканских и региональных конференций (Москва, Ленинград – Санкт-Петербург, Воронеж, Пермь, Екатеринбург и др.), Лауреат премии губернатора Свердловской области, стипендиат Министерства культуры Свердловской области (2008). Заслуженный деятель искусств Российской Федерации (2007) Лауреат Премии губернатора Свердловской области за книгу «Традиционный русский музыкальный календарь Среднего Урала» (1997). Лауреат Премии губернатора Свердловской области за книги «Причитания и песни традиционной уральской свадьбы» и «Уральская свадьба» (2014) Лауреат Всероссийской литературной премии им. П. П. Бажова за книгу «Уральская свадьба» (2014) Обладатель грантов Президиума Уральского отделения РАН (1993), Президента РФ (1999).

Заслуженный деятель искусств России, основатель Центра музыкального театра в Гуманитарном университете, инициатор создания и председатель жюри Российской оперной премии «Casta Diva». В Екатеринбурге большой популярностью пользуется авторский цикл лекций Михаила Мугинштейна «400 лет оперы», уже второе десятилетие он собирает в Доме Актёра благодарную аудиторию.